En contraste, las desventajas de esta metodología de enseñanza se resumen en las siguientes:

1. Dificultades de concentración.
2. Homologación de títulos obtenidos en el exterior.
3. Necesidad de herramientas de tecnología de la información para garantiza las conexiones en aulas virtuales.
4. Incidencia negativa en la socialización (actividad solitaria)
5. Pasividad, menospreciando la verdadera importancia del método.
6. Carencia de estructura pedagógica completa.
7. Necesidad de mayor constancia y disciplina que en las clases presenciales.
8. Retrasos e ineficiencia por fallas en las herramientas tecnológicas.
9. Carece de rutina, puede llevar a un descontrol.
10. Puede llegar a alterar la salud: exposición prolongada a la pantalla
11. Fraude estudiantil (suplantación de estudiantes y realización de tareas o evaluaciones)
12. Ofertas de cursos con baja calidad docente.
13. Algunos cursos tienen necesidad de formación presencial (realización de prácticas)